라이프스트림의 무한한 생명 에너지를 바탕으로 세상을 지배하게 된 신라컴퍼니와 그에 맞선 솔져 세피로스 간의 전쟁으로 세상은 폐허가 되어버렸고, 사람들은 혼란을 극복하지 못하고 있었다. 그로부터 2년이 지난 지금에도 세상의 혼란은 더욱 심해져 가기만 하는데, 이 때 세피로스의 피를 이어받아 새로운 세상을 세우려는 무리가 나타나기 시작한다. 한때 신라컴퍼니에서 함께 몸을 담았던 솔져 카다쥬와 아쥬. 이들은 세피로스의 세포를 통해 새로운 몸으로 막강한 힘을 가짐으로써 신라와 맞서고, 세상의 모든 것을 없애고자 한다. 한편 이들과 같은 세포를 이어받았고 또 함께 솔져에 몸담았던 클라우드는 2년 전의 전쟁에서 자신이 지키지 못한 사람들에 대한 죄책감으로 자신의 우리 안에 자신을 가둔 채 주변의 친구들을 받아들이려 하지 않는다. 그러던 어느 날 카다쥬 무리가 세상의 재편을 위해 아이들을 끌어모으던 중 클라우드가 돌보던 덴젤에게까지 손을 내밀고…

Two years have passed since the final battle with Sephiroth. Though Midgar, city of mako, city of prosperity, has been reduced to ruins, its people slowly but steadily walk the road to reconstruction. However, a mysterious illness called Geostigma torments them. With no cure in sight, it brings death to the afflicted, one after another, robbing the people of their fledgling hope.